Hämeenlinnan Navigaatioseuran jäsenyys edellyttää laivuritutkinnon suorittamista ja tavallisimmin jäseneksi liitytään saaristolaivuritutkinnon yhteydessä. Seuran vuosijäsenmaksu on 20 € ja samalla jäsen on valtakunnallisen Suomen Navigaatioliiton jäsen.
Mikäli jäsen haluaa kuulua myös veneilyjaostoon peritään siitä erikseen jaoston jäsenmaksu 13 €. Tällöin jäsen on myös Suomen Purjehdus ja Veneilyliiton jäsen ja saa Liiton lehden Nautic ja muita jäsenetuja.